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La Dirección General de Verdad, Justicia y Reparación, en adelante DGVJR, es un órgano dependiente de la Defensoria del Pueblo, encargado de implementar las recomendaciones y medidas reparatorias formuladas en el informe final de la Comisión de Verdad y Justicia; difundir el contenido del Informe de la Comisión de Verdad y Justicia a nivel nacional e internacional; continuar la investigación y búsqueda de los detenidos desaparecidos; fomentar el interés ciudadano por conocer la verdad histórica y documentada de las violaciones ocurridas en el Paraguay durante el periodo de 1954-1989 y preservar la memoria histórica y principalmente contribuir para que hechos de violación a los Derechos Humanos, como los cometidos, nunca más vuelvan a ocurrir en el Paraguay.

Son funciones principales:

Organizar y preservar los archivos y bases de datos en todas sus formas producidos durante la investigación de la Comisión de Verdad y Justicia, incrementando su fondo documental con nueva documentación de archivos públicos y privados, en la medida de lo posible, y poniendo los mismos a disposición de los habitantes de esta República;

Continuar con la investigación y la búsqueda permanente de desaparecidos y ejecutados extrajudiciales durante la dictadura stronista, y en función a ello, conformar un equipo de antropología forense e implementar la creación de un banco de datos genéticos para dicho cometido, coordinando todas las acciones necesarias;

Impulsar la colaboración en la elaboración de programas relativos a la enseñanza y la investigación en derechos humanos;

Avalan la vigencia y funciones de la DGVJR la Resolución 179/09 por el cual la Defensoria del Pueblo del Paraguay creó la Dirección General de Verdad, Justicia y Reparación y el Decreto N°1875/09 por el cual el Presidente de la Republica del Paraguay declara de interés nacional el informe de la Comisión de Verdad y Justicia e instruye a los distintos organismos del estado a prestar toda colaboración a la DGVJR.